I gruppi delle qualificazioni al campionato europeo di calcio Under-21 2006, ove possibile, sono stati creati in abbinamento ai gironi di qualificazione delle squadre maggiori partecipanti ai Mondiali del 2006 con l'eccezione di Andorra, Isole Fær Øer, Liechtenstein e Irlanda del Nord, che non disponevano di rappresentative Under-21, e della Germania, la cui squadra maggiore non partecipava alle qualificazioni dei Mondiali in quanto paese ospitante.
Così le 48 rappresentative Under-21 partecipanti sono state divise in 8 gironi (6 gruppi di 6 squadre, 1 di 5 e 1 di 7) con i criteri sopra esposti.
Le vincenti degli 8 gironi hanno poi disputato uno spareggio, con partite di andata e ritorno, con le seconde di ogni gruppo (le composizioni degli 8 spareggi sono state decise per sorteggio).
Gruppi di qualificazione
Gruppo 1
Paesi Bassi accede agli spareggi in quanto vincitrice nel gruppo
Rep. Ceca accede agli spareggi in quanto qualificatasi seconda nel gruppo
Gruppo 2
Danimarca accede agli spareggi in quanto vincitrice nel gruppo
Ucraina accede agli spareggi in quanto qualificatasi seconda nel gruppo
Gruppo 3
Portogallo accede agli spareggi in quanto vincitrice nel gruppo
Russia accede agli spareggi in quanto qualificatasi seconda nel gruppo
Gruppo 4
Francia accede agli spareggi in quanto vincitrice nel gruppo
Svizzera accede agli spareggi in quanto qualificatasi seconda nel gruppo
Gruppo 5
Italia accede agli spareggi in quanto vincitrice nel gruppo
Slovenia accede agli spareggi in quanto qualificatasi seconda nel gruppo
Gruppo 6
Germania accede agli spareggi in quanto vincitrice nel gruppo
Inghilterra accede agli spareggi in quanto qualificatasi seconda nel gruppo
Gruppo 7
Belgio accede agli spareggi in quanto vincitrice nel gruppo
Serbia e Montenegro accede agli spareggi in quanto qualificatasi seconda nel gruppo
Gruppo 8
Croazia accede agli spareggi in quanto vincitrice nel gruppo
Ungheria accede agli spareggi in quanto qualificatasi seconda nel gruppo
Spareggi per l'accesso alla fase finale
Andata 11, 12 e 13 novembre, ritorno 15 e 16 novembre 2005.
Squadre qualificate
Note



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